Die Kosten der 2 084 Krankenhäuser Deutschlands betrugen nach Mitteilung des Statistischen Bundesamtes (Destatis) im Jahr 2009 insgesamt 77,1 Milliarden Euro. Das waren 4,5 Milliarden Euro oder 6,1% mehr als im Jahr zuvor. Die Krankenhauskosten setzten sich im Wesentlichen aus den Personalkosten von 45,8 Milliarden Euro (+ 5,7% gegenüber 2008) und den Sachkosten von 29,3 Milliarden Euro (+ 7,0%) zusammen. Hinzu kamen unter anderem die Kosten der Ausbildungsstätten und die Aufwendungen für den Ausbildungsfonds in Höhe von insgesamt 1,6 Milliarden Euro.

In den Gesamtkosten der Krankenhäuser enthalten sind die Ausgaben für nichtstationäre Leistungen. Sie hatten 2009 ein Volumen von 9,9 Milliarden Euro und beinhalteten unter anderem Kosten für die Ambulanz (3,4 Milliarden Euro) sowie für wissenschaftliche Forschung und Lehre (2,6 Milliarden Euro). Die Kosten der rein stationären Krankenhausversorgung (bereinigte Kosten), die sich aus der Differenz zwischen den Gesamtkosten und den Kosten für nichtstationäre Leistungen ergeben, lagen somit bei 67,2 Milliarden Euro.

17,8 Millionen Patientinnen und Patienten wurden 2009 vollstationär im Krankenhaus behandelt, 300 000 mehr als 2008. Die durchschnittlichen stationären Krankenhauskosten je Behandlungsfall lagen bundesweit bei 3 772 Euro. Gegenüber 2008 ist das eine Zunahme von 4,5% (2008: 3 610 Euro). Nach Bundesländern fielen die stationären Kosten am geringsten in Mecklenburg-Vorpommern aus (3 371 Euro), am höchsten in Hamburg (4 524). Die Unterschiede in den Durchschnittskosten je Behandlungsfall nach Ländern werden vom Versorgungsangebot sowie von der Art und Schwere der behandelten Erkrankungen beeinflusst.