Dazu füllt der Prüfarzt oder Patient ein mit Pattern bedrucktes CRF-Formular aus – zum Beispiel durch Ankreuzen, Eintragen von Ziffern und Texten oder durch Markierung von Skalen. Der Stift besitzt neben einer herkömmlichen Mine eine Leuchte, die für Menschen unsichtbares Infrarotlicht aussendet. Auf den Punkterastern wird dieses Licht reflektiert, eine installierte Mikrokamera nimmt so das Geschriebene auf und legt es in Form von Vektorgrafikdaten in ihrem Speicher ab, der eine Kapazität von etwa 50 DIN A4-Seiten hat. Die eingebaute Bildverarbeitungssoftware erkennt sowohl die Positionskoordinaten als auch das Formular und die Seite, die gerade beschrieben wird. Zudem erfasst ein mitgeführter Datumstempel Tag und Uhrzeit sowie die zeitliche Abfolge des Geschriebenen. Durch eine Unique-ID des Stifts kann darüber hinaus nachverfolgt werden, welcher Stift verwendet wurde.

Die Erkennungssoftware wandelt das Handschriftliche in ASCII-Codes um

Die Datenübertragung kann über eine USB- oder eine Bluetooth-Schnittstelle erfolgen. Das Gespeicherte wird so via Internet, über eine USB-Dockingstation oder durch ein Bluetooth fähiges Mobiltelefon an einen Web-Server gesendet. Auch eine lokale Verarbeitung ist möglich. Zur direkten Übertragung der gespeicherten Informationen über einen PC an das EDC-System steckt man den Stift in eine Dockingstation. Dabei wandelt ein speziell auf den digitalen Stift abgestimmtes Erkennungsprogramm die handschriftlichen Daten in einen ASCII-Code und gleichzeitig in ein grafisches JPG-Format um. Die Einträge werden nach Verifikation über eine Web-Service-Verbindung an das EDV-System der entsprechenden CRO oder des Sponsors übertragen. Zudem werden sie in der allgemeinen Datenbank direkt in das zugehörige Feld übernommen. Dort stehen sie auch als grafische Bilddarstellung zur Verfügung.